參見：對中國電信的爭議作為中國最大的網際網路骨幹網，ChinaNet自組建後不久就一致飽受與中國其他骨幹網互聯不足的詬病。ChinaNet作為中國最大的民用骨幹網，與中國聯通骨幹網、中國移動骨幹網等其他民用骨幹，以及中國教育和科研電腦網（通常簡稱教育網，即CERNET）、中國科技網（CSTNET）兩張學術性網路之間的互聯一直不夠充分。這一問題也與中國電信、中國聯通等中國各運營商間電話業務、簡訊業務互聯互通存在障礙有一定關聯；再加之中國2003年電信業改組拆分中國電信和中國網通，使兩家分別霸據中國南北、互聯困難。這一問題隨著時間流逝和政策放寬有一定改善，但仍然顯著存在。
與中國其他骨幹網互聯不充分
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ChinaNet的互聯難問題早已有之。2000年中國當時的四大骨幹網之間的互聯被認為「存在瓶頸」[18]。同年兩會，民建會員周晉峰向全國政協遞交名為《讓網際網路互聯互通》的提案。對該提案的外界報道指出，「有時訪問國外的網站速度較快，訪問同在一個城市的另一個站點速度卻更慢」，這是因為網站常在的幾張骨幹網都有對境外的線路，且頻寬較為充足；然而各個骨幹網之間互聯的頻寬卻是與境外網路互聯的十幾分之一乃至幾十分之一。[19]
「南電信，北聯通」現象
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參見：中國電信、中國網通、中國聯通和2008年中國電信業重組
在2005年的電信業者重組中，原中國電信在中國北方（北京、天津、河北、山西、內蒙古、遼寧、吉林、黑龍江、河南、山東等10個省、自治區和直轄市）的資產及原中國網通、原中國吉通被重組為新的中國網通，而原中國電信在中國南方（及北方其他省區）的資產則仍屬於新的中國電信。2008年的電信業者重組中，2005年組建的中國網通和原中國聯通的資產重組為新的中國聯通，形成了中國北方的電信業者以中國聯通主導，而南方以中國電信主導的局面。[20]由於受到網間結算費用及通訊基礎設施建設差異的原因，只有該地區所主導的電信及網際網路運營商才能使使用者有較好的網際網路接入品質，而跨南北地區或跨網際網路運營商的網路訪問則會品質不良。因此一些資料流量較大的服務提供商會選擇同時接入多個網際網路運營商（例如同時中國電信和中國聯通）並根據使用者來源的運營商網路來提供對應的訪問線路位址，或者直接聲明不同運營商網路的不同資源訪問位址讓使用者篩選訪問。[來源請求]
與境外電信業者互聯
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ChinaNet是中國網際網路對境外連接的主要骨幹網之一。ChinaNet及中國電信所持有的國際（地區）出口是中國大陸所有運營商里最多的。1999年底ChinaNet擁有291 Mbps的國際出口頻寬，中國大陸地區對外連接中有83%通過ChinaNet傳輸。
2015年上海電信ChinaNet境外網站訪問緩慢問題
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2015年東方衛視等媒體報道上海電信訪問境外網站速度緩慢的問題。東方衛視報道指，上海電信訪問美國亞馬遜、繽客網、微軟官方網站等境外網站的打開速度與中國聯通等其他的運營商相比極其緩慢。網友普遍質疑上海電信此舉是故意限制使用者體驗，進而推銷其使用CN2骨幹網的「國際精品網」「氮氣瓶」等加速服務。[21][22][23]
中國電信所擁有的骨幹網除了ChinaNet外，還有一張2004年興建的「中國電信下一代承載網」，簡稱CN2。CN2網路使用人數較少，更為輕載，在國際覆蓋上更好；而ChinaNet則因為使用者數多、負載大，尤其在尖峰時段外網訪問品質差，甚至無法連通。然而一般使用中國電信寬頻服務接入的是更老舊的ChinaNet，因此中國部分地區的電信開始以「國際精品網」之類的名義販賣各種將ChinaNet轉換為CN2骨幹網的「升級服務」，並區別對待ChinaNet和CN2兩張骨幹網。[24]
對此，上海電信解釋說，其國際出口當時較為擁堵，需要等同年晚些時候擴容才能改善，但電信沒有主動限制沒有購買「國際精品網」等服務的使用者訪問外網的速度。同時，上海電信工作人員還建議使用代理，並說電信之前提供的「國際精品網」服務不再對一般客戶提供。[21][25]
有批評認為，中國電信有理由為更快訪問境外網站收取費用，但不應當主動限制沒有額外付費者的網速[26]。雷鋒網評論指出，如香港寬頻等境外運營商在賣出高頻寬的家用寬頻時，往往都會特地標出其外網頻寬占比；然而中國內地大多數運營商並不會這樣做。上海電信此舉引發眾怒主要是對客戶定價不夠透明所致。[27]
與中國其他骨幹網、小型運營商及網際網路企業互聯成本過高
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中國工業和信息化部規定，中國電信的ChinaNet骨幹網、CN2骨幹網與中國聯通的骨幹網，以及中國教育網（CERNET）之間在國內屬於第一級網路，之間互聯不收取費用。但鵬博士網路旗下寬頻（如長城寬頻、寬頻通等）、歌華有線及廣電寬頻若要接入ChinaNet，則要向後者的運營商（即中國電信）支付互聯費。[28]2008年中國電信業改組將只運營固定網路業務的中國網通劃歸給中國聯通。在改組前，根據當時的規定，只有中國電信、中國網通和中國教育網之間互聯不收費用；而中國聯通若要互聯也需要付價格不菲的互聯費。[29]這一類互聯費即「網間結算」費用。
外界普遍批評目前中國電信和中國聯通兩家運營商把持手中的骨幹網資源，坐地起價；這使得中國各骨幹網自治系統（AS）間不僅結算價格高昂、品質低劣、利用率低下，不利於小企業、小運營商及網際網路資料中心（IDC）業務發展。高昂的互聯成本也使得小運營商「透傳」行為十分普遍，進一步降低中國整體網路品質。[30]
外界對中國電信骨幹網互聯成本過高的質疑，主要表現在對排擠競爭對手、壟斷的質疑；「南電信、北聯通」現象。
排擠其他競爭對手
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在2008年電信業改組兩年前的2006年，當時還沒有與中國網通合併的中國聯通因無力負擔網間結算成本，被迫關閉逾兩千家網咖。此時，中國聯通是中國唯一一家同時有固網業務（如固定電話和寬頻上網）和移動業務（如手機行動通訊）的運營商；而中國電信和中國鐵通沒有行動網路業務[註 6]、中國移動沒有固網業務。儘管如此，由於中國聯通創立較晚，從在總體上處於弱勢地位。改組後，中國網通併入中國聯通，因而在改組之後聯通獲得了曾經網通在固網上的壟斷優勢。無論在此次改組前或後，ChinaNet一直由中國電信把控。
《經濟觀察報》報道指，按照資訊工業部所設立的指導價格，中國電信每Mbps頻寬向聯通開價2200元，但聯通不能將互聯頻寬上的高昂成本直接轉嫁給網咖加盟商，於是只能自己負擔大部分。[31]在聯通關閉旗下網咖之前，其各類連鎖數量最多曾達到近三千家，是當時中國最大的連鎖網咖品牌；但中國聯通每年單單在互聯費用上就要損失2億人民幣[32]。除了關閉之外，聯通還將一部分網咖轉讓給了電信和網通。中國聯通負責資料業務一部門經理說，因為不合理的網間結算費用規定，「聯通在網際網路的經營注定是虧損的」[31]。中國鐵通也面臨類似的問題，同樣因為無法負擔同電信和網通的網間結算成本，退出網咖市場競爭。[33]《京華時報》援引中國網通負責互聯互通問題的有關人士，說因為網通多次投資擴容其寬頻網路，實際收取的價格還高於資訊工業部（後改組為工業和信息化部）所定的每Mbps收取2200元的指導價格[32]；而電信對自己旗下的網咖只收取每Mbps頻寬500元的價格、對境外運營商則為每Mbps頻寬400元[34][註 7]。導致出現這種情況的主要原因是，大多數網際網路內容集中在中國電信和中國網通的骨幹網上，只要使用者想要瀏覽電信和網通網路上的內容，就需要進行互聯並支付網間結算費用。《21世紀經濟報道》稱，當時聯通寬頻使用者訪問的網際網路資源中，有七成在聯通網外；而聯通網外的資源里，又有八成在電信和網通的網路上。以聯通的使用者量計算，聯通單在網咖上，就需要購置5 Gbps的頻寬。[35]資訊工業部也曾經委託他人重新進行骨幹網互聯標準的研究，但不了了之[36]。
中國電信和中國聯通也被批評其利用手中把握的骨幹網資源來排擠小寬頻運營商（如前文提及的歌華有線、長城寬頻等）等競爭對手。此類小運營商不能自建骨幹網，只能從已被電信和聯通控制的上游骨幹網中「分銷」頻寬，無法與電信、聯通形成實質競爭。[37]
「透傳」現象
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參見：流量穿透
由於主要的網際網路出口資源被中國電信或中國聯通等主要網際網路骨幹網運營商壟斷並通過政策和價格進行控制，其他網際網路服務提供者，如中國教育和科研電腦網、長城寬頻等，因為這些網際網路骨幹網運營商的高昂網間結算費用，或全國骨幹網建設規模不足而無法直接連接兩個地理分隔的網路，會使用網路透傳的方法：即通過從主要網際網路骨幹網運營商購買低廉的網際網路接入服務（對於第一類網路業者的網間互聯費用會較高，而面向第二類網路業者的網路接入費用會較低），然後利用技術手段將運營商自己一個地區或特定網路骨幹的流量通過主要網際網路骨幹網運營商的網路傳輸到另一個地區，來實現跨區域骨幹網路互聯或進行網際網路接入，而非通過正常的路由交換互聯（其中會導致路由跟蹤時不會出現主要網際網路骨幹網運營商的路由器位址資訊，而且目的站點顯示連接來源位址不是連接發起方的真實位址而是透傳出口的位址）。由於這樣會破壞主要網際網路骨幹網運營商作為網際網路資源的壟斷地位，而且也會影響對網際網路接入的辨識管理，所以會被主要網際網路骨幹網運營商打擊和阻止。[38][39]